12 июня 2000 года российский президент своим указом назначает Ахмата Кадырова Главой администрации Чеченской Республики. Этому способствовала позиция муфтия ЧРИ Ахмат-Хаджи Кадырова по ряду важных вопросов. Кадыров не согласился с решениями Масхадова по событиям лета 1999 года - тогда группы чечено-дагестанских ваххабитов вошли в Дагестан. И без того, шаткое положение по статусу республики, (а оно, как известно, было отложено до 31 декабря 2001 года), после рейда боевиков в Дагестан стало ещё более зыбким. Этот рейд был настоящим ударом в спину... Вместо военно-политического решения возникшей проблемы Масхадов делает вид, что это «внутренняя проблема России». Предложения России о совместной борьбе против ваххабитов в Дагестане он отверг.
Неоднократные призывы муфтия Масхадову о запрете ваххабизма на территории ЧРИ и выдворении иностранных наемников ни к чему не привели, кроме увеличения покушений на Ахмата Кадырова.
Сентябрь 1999 года стал началом активных ударов федералов по территории Чечни. Что-то серьёзное противопоставить им у Масхадова не было возможности. Мало кто хотел воевать за такую власть, за её идеалы, многим людям то, что происходило в Чечне открыло глаза... Не было и сотой части той поддержки населения, что было в годы Дудаева.
Тогда на себя никто не мог взять ответственности за будущее и вообще за право существования чеченцев как таковых.
После назначения на пост Кадыров взял путь на налаживание мирной жизни. Для этого требовалось очень многое, став щитом для простых людей и проблемой для военных и боевиков. Из первоочередных задач были - пресечение произвола федералов, налаживание системы социального обеспечения, подготовка новой конституции как гаранта стабильности, создание МВД и многое другое.